Le « Unknown »
Comme son nom l’indique, il est l’inconnu de l’histoire. On ignore jusqu’à sa place dans l’Organisation, mais on peut supposer que son identité sera dévoilée dans Kingdom Hearts 2. Cela ne l’empêche pas de jouer un rôle important : c’est lui qui guide Sora jusqu’au château Oblivion et qui lui donne sa première carte monde : la Ville de Traverse.

Vexen
Numéro 4 de l’Organisation
Vexen a réussi à regrouper des données sur Riku à partir du parcours de ce dernier dans le château Oblivion, dans le but de créer une réplique de lui. La marionnette avait pour mission de tuer Sora, mais sa défaite contre celui-ci l’a fait prendre conscience de ses actions. Vexen est l’un des premiers membres de l’Organisation, et de ce fait, se considère supérieur aux autres. Après avoir été battu plusieurs fois par Sora, Axel se charge de l’éliminer définitivement.

Lexaeus
Numéro 5 de l’Organisation (présent uniquement en mode Reverse/Rebirth)
Il utilise un gigantesque tomahawk pour se battre. Il tente de s’emparer des pouvoirs de Riku pour contrecarrer les plans de Marluxia, mais il échoue. Il parvient pourtant à plonger Riku dans les ténèbres avant de mourir.

Zexion
Numéro 6 de l’Organisation
Du genre à laisser le sale boulot aux autres, il est forcé de passer à l’action après les défaites de Vexen et de Lexaus. Copiant l’apparence de Sora dans l’Ile du Destin pour battre Riku, sans savoir que ce dernier ne craignait plus les ténèbres. Il est alors vaincu.

Axel
Numéro 8 de l’Organisation
Il surveille le parcours de Sora. Personne ne connaît ses véritables intentions, et il semble détaché du groupe. Il a utilisé Sora et Naminé pour tuer Marluxia, et a annoncé au premier qu’ils ont tous deux quelque chose en commun.

Marluxia
Numéro 11 de l’Organisation
Marluxia est le seigneur du manoir Oblivion. Il a utilisé Naminé pour modifier les souvenirs de Sora dans le but de s’emparer de la Keyblade. Naminé a pourtant refusé d’obéir à son ordre de briser le cœur de Sora, ce dont elle avait le pouvoir.

Larxene
Numéro 12 de l’Organisation
Larxene ne connaît aucun autre sentiment que le mépris, et aime soumettre les autres à sa volonté. Elle tolère Axel et semble bien s’entendre avec lui, mais elle se méfie de tout le monde. Avec Marluxia, elle désirait diriger l’Organisation, mais elle se fait battre par Sora.

DiZ (présent uniquement en mode Reverse/Rebirth)
On ignore qui il est réellement. Il impose des choix à Riku tout au long de l’histoire, généralement entre lumière et ténèbres. Il semble avoir déjà rencontré le roi par le passé.