Sora
Garçon de 14 ans et héros de l’histoire, Sora poursuit ses aventures dans le manoir Oblivion. Il était partit à la recherche de Riku et du roi, mais ses souvenirs ont été manipulés par Naminé. Finalement, il décide de quitter le manoir pour repartir à la recherche de ses amis.

Riku (présent uniquement en mode Reverse/Rebirth, le Riku apparaissant dans l’Ile du Destin dans la partie normale étant issu des souvenirs de Sora, et Dark Riku étant une marionnette)
Après son expérience, Riku craint de replonger dans les ténèbres et d’être à nouveau manipulé. Certains membres de l’Organisation s’intéressent à son pouvoir, et, dans le but de le contrôler, l’incitent à utiliser le pouvoir des ténèbres, de la même manière que Dark Riku. Le roi Mickey veille sur lui.

Kairi
Oubliée de Sora, elle n’apparaît que rarement dans le jeu, et ce n’est à chaque fois qu’une image crée des souvenirs des héros. On la voit à peine dans l’histoire de Sora, mais elle joue un rôle important bien que bref en mode Reverse/Rebirth : en effet, c’est elle qui aide Riku à croire en lui, à ne plus craindre les ténèbres, en lui expliquant qu’il doit être capable de contrôler la part des ténèbres qu’il a dans son cœur et l’utiliser à son avantage, sans lui céder, au lieu de la renier et de fuir comme il le fait.

Donald
Notre cher canard accompagne Sora dans le château. Peu rassuré de l’atmosphère qui s’en dégage, il prend peur lorsqu’il perd trop de souvenirs, et demande à l’adolescent d’attendre et de réfléchir avec lui sur la situation. Ce dernier, irrité de la remarque, le traite de lâche (ou s’il ne le dit pas, il le pense très fort), et continue sa route tout seul. Il ne le retrouve que plus tard avec Dingo.

Dingo
Toujours aussi naïf, débordant parfois à la bêtise, il rajoute toujours une touche d’humour aux scènes trop sérieuses avec ses répliques légendaires de stupidité. Dingo s’inquiète également lorsqu’il commence à perdre trop de souvenirs, mais avec plus de légèreté que son compagnon.

Naminé
C’est une jeune sorcière. Sur ordre de Marluxia, elle a modifié les souvenirs de Sora, se faisant passer pour Kairi. Elle a également doté Dark Riku de souvenirs, afin de le faire s’opposer à Sora. En réalité, elle n’est pas méchante, et refuse de détruire la mémoire de Sora lorsque Marluxia lui ordonne.

Dark Riku
C’est la marionnette créée par Vexen, dotée de souvenirs par Naminé. Il se fait passer pour Riku auprès de Sora, mais une fois définitivement battu par celui-ci, il prend conscience de ses actes et s’enfuit. Les membres de l’Organisation lui avaient promis qu’il pourrait devenir quelqu’un en battant Sora et le vrai Riku.

Mickey (présent uniquement en mode Reverse/Rebirth)
Séparé de Riku au moment où le Kingdom Hearts a été fermé, il le retrouve dans le château Oblivion plus tard. Le roi reste auprès de Riku pour le protéger des ténèbres et des propos des Unknows, qui veulent le faire basculer dans les ténèbres.

Ansem (présent uniquement en mode Reverse/Rebirth)
Le chercheur des ténèbres est de retour dans cet opus. Il cherche à reprendre le contrôle de Riku en l’incitant à plonger dans les ténèbres. Il ne semble pas pouvoir rivaliser avec le roi, car il s’enfuit dès que celui-ci apparaît.